До 2000 года психиатрическая служба республики была разобщена. Так, только в г.Уфе функционировали две республиканские психиатрические больницы и городской психоневрологический диспансер. Не было единой идеологии, стратегии развития, подходов к оказанию психиатрической помощи, этапности и преемственности, не только в организационных, но и в лечебно-диагностических вопросах. Поэтому назрела необходимость на первом этапе слияние вышеуказанных психиатрических учреждений, для проведения модернизации психиатрической службы республики.

В 2000 году в Республиканской психиатрической больнице было 3000 коек, в связи с открытием психиатрических отделений в районах и городах было произведено сокращение коечного фонда больницы.

В 2005 году амбулаторная психиатрическая служба города Уфы была переведена на республиканское финансирование, путем присоединения к Республиканской психиатрической больнице.

Объединение стационара с диспансером дало определенный экономический и организационный эффект. Прежде всего, была выстроена преемственная амбулаторно-стационарная система помощи пациенту на разных этапах, определено единое направление в работе службы.

В целях реализации Закона РФ «О психиатрической помощи и гарантиях прав граждан при ее оказании», отраслевой программы "Реорганизация сети психиатрической помощи в Российской Федерации на 2003-2008 годы" в части укрепления материально-технической базы учреждений, в целях повышения уровня и качества оказания психиатрической помощи в Республике Башкортостан началось строительство больничного комплекса РПБ на 1600 коек.

Сейчас больница находится в новом здании с 2007 года постройки на 1165 коек. Детских коек 65, из них 10 совместного пребывания родителей или другого законного представителя для осуществления ухода за ребенком.
На территории ГБУЗ РБ РКПБ расположено 29 отделений, из них:

— общепсихиатрические отделения;
— отделения первого психотического эпизода;
— общепсихиатрическое отделение для обслуживания детского населения;
— психиатрическое инфекционное отделение;
— соматопсихиатрические отделения;
— психиатрическое отделение для пациентов, больных туберкулезом;
— отделения психосоциальной реабилитации;
— реабилитационное отделение для участников и ветеранов боевых действий и их родственников;
— отделение оказания психиатрической помощи в экстренной и неотложной формах;
— приемное отделение;
— клинико-диагностическая лаборатория;
— лечебно-диагностическое отделение;
— отделение скорой психиатрической помощи;
— физиотерапевтическое отделение;
— патопсихологическая лаборатория;
— санитарно-эпидемиологическое отделение;
— отделения для принудительного лечения общего и спец.типа;
— отделение «Телефон Доверия»;
- консультативно-диагностическое отделение
- амбулаторное судебно-психиатрическое отделение
- отделения стационарной судебно-психиатрической экспертизы
- амбулаторные отделения
- дневные стационары для психосоциальной реабилитации
- дневной стационар для обслуживания детского населения

В 2000 году открыто реабилитационное отделение для оказания комплексной помощи лицам с последствиями ПТСР.

В 2010 году открыто отделение стационарной судебно-психиатрической экспертизы для арестованных лиц.

В 2023 году открыт Центр ментального здоровья РКПБ.

В 2024 году открыт кабинет оказания психолог о-психиатрической помощи участникам и ветеранам боевых действий и их родственникам.